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Oakforest-PACSスーパーコンピュータシステムの紹介

システムの特徴

 Oakforest-PACSシステムは、東京大学情報基盤センターと筑波大学計算科学研究センターが共同運営する、最先端共同HPC基盤施設(JCAHPC:Joint Center for Advanced High Performance Computing) の共同利用スーパーコンピュータシステムです。米国Intel Corporationによる超高性能メニーコア型プロセッサである次世代インテル Xeon Phi プロセッサと、 インテル Omni-Path アーキテクチャを搭載した計算ノードを、8,208台搭載した国内最大規模の超並列クラスタ型スーパーコンピュータです。


システム概念図

ハードウェア構成

全体構成

項目 仕様
総理論演算性能 25.004 PFlops
総ノード数 8208
総主記憶容量 897 TByte
ネットワークトポロジー Full-bisection Fat Tree
並列ファイルシステム システム名 Lustreファイルシステム
サーバ(OSS) DDN SFA14KE
サーバ(OSS)数 10
ストレージ容量 26 PB
ストレージデータ転送速度 500 GB/sec
高速ファイルキャッシュシステム サーバ DDN IME14K
サーバ数 25
容量 940 TB
ストレージデータ転送速度 1,560 GB/sec

ノードの構成

項目 仕様
マシン名 Fujitsu PRIMERGY CX1640 M1
CPU プロセッサ名 Intel® Xeon Phi ™ 7250
(開発コード名:Knights Landing)
プロセッサ数(コア数) 1 (68)
周波数 1.4 GHz
理論演算性能 3.0464 TFlops
Memory 96 GB(DDR4)+ 16 GB(MCDRAM)
インターコネクト Intel ® Omni-Path ネットワーク
(100 Gbps)

ソフトウェア構成

項目 構成
OS Red Hat Enterprise Linux 7
コンパイラ GNU コンパイラ
Intel コンパイラ(Fortran77/90/95/2003/2008、C、C++)
メッセージ通信
ライブラリ
Intel MPI、Intel Omni-Path Fabric Software
ライブラリ Intel 社製ライブラリ(MKL)、BLAS、LAPACK、ScaLAPACK、FFTW、GNU Scientific Library、NetCDF、Parallel netCDF、Xabclib、ppOpen-HPC、ppOpen-AT、MassiveThreads、 SuperLU、SuperLU MT、SuperLU DIST、METIS、MT-METIS、ParMETIS、Scotch、PT-Scotch、PETSc、Boost
アプリケーション mpijava、omnicompiler、OpenFOAM、ABINIT-MP、PHASE、FrontFlow/blue、FrontISTR、REVOCAP、OpenMX、xTAPP、AkaiKKR、MODYLAS、ALPS、feram、GROMACS、BLAST、R、bioconductor、BioPerl、BioRuby
フリーソフトウェア autoconf、automake、bash、bzip2、cvs、emacs、 findutils、gawk、gdb、make、grep、gnuplot、gzip、 less、m4、python,perl、ruby、screen、sed、 subversion、tar、tcsh、tcl、vim、zsh、cmake、 HDF5、git など