AVS/Express PSTの使用方法

　AVS/Express PSTを使用するためには、端末に「Xサーバー」（Windowsシステムで使用できるフリーソフトウェア としては Cygwin/XやXmingなどがあります。）と呼ばれるソフトウェアがインストールされており、 動作している必要があります。 また、ログインする際はSSH対応のターミナルソフトウェアにおいて、 下記の例に示すようにX11 forwarding を有効にしてください。

UNIXシステムを使用しているときは、-X オプションを指定します。

　$ ssh -X z00000@ha8000-3.cc.u-tokyo.ac.jp

WindowsシステムでPuTTYを使用しているとき

　SSH X11フォワーディングオプション（カテゴリ：接続→SSH→X11）の設定項目のうち、「X11フォワーディングを有効にする」にチェックを入れてからログインします。

ホームディレクトリに ~/.smpdという名前のファイルを作成してください。内容は次のように書きます。

~/.smpdファイルの例

　no_dynamic_hosts=1
　phrase=xxxxxxxxxxxx　　　←“xxxxxxxxxxxx”は任意の文字列 （他の人と重ならないような文字列）

作成したら忘れずにファイルのパーミッションを 600 に設定してください。

　$ chmod 600 ~/.smpd

1.起動ジョブを投入する

　$ /opt/itc/avs/pst_script/avs_start.sh
　$ qstat
　NQS schedule stop time : 2009/05/29 (Fri) 9:00:00 (Remain: 63h 41m 50s)
　REQUEST　 NAME　OWNER QUEUE PRI NICE E-TIME MEM　　STATE
　123.batch1 run_smp z00000　　avs　　63　　0　　7200s　112GB RUNNING

　ジョブのSTATEが「RUNNING」になったら 2. の手順に進んでください。「QUEUED」のときは、他に誰かが使用しているか、何らかの都合でavsキューが停止していますので使用可能となるまでお待ちください。 一回に同時に利用できるユーザーは1名です。また、avsキューの制限時間は120分で、これが一回の利用時間の上限となります。

2.AVS Express/PSTを起動する

1.と同じログインノードで以下のスクリプトを実行してください。

　$ /opt/itc/avs/pst_script/run_pstexe.sh　4 　←並列数（1～64）

　「MPIプロセス数」、すなわち「分散ファイル数」（1～64）を指定する必要があります。起動可能なプロセスは1ノードあたり16、使用可能ノード数は4ノードまでです。 したがって処理可能な分散ファイル数は最大64となりますのでご注意ください。画面上に2つのウィンドウが表示されますとAVS/ExpressPSTが操作できる環境となります。

AVS/ExpressPSTの操作、使用方法についてはオンラインマニュアルをご覧ください。
http://ha8000.cc.u-tokyo.ac.jp/
なお、参照にあたっては、ユーザIDとパスワード（鍵登録に使用するもの）が必要です。

• AVS/ExpressPST並列版
  • PSTの紹介
  • PSTユーザーズガイド
  • PST操作方法とネットワークサンプル

• AVS/Express 標準版
  • チュートリアルガイド
  • ユーザーズガイド
  • モジュールリファレンス第1部
  • モジュールリファレンス第2部
  • デベロッパーズガイド第1部
  • デベロッパーズガイド第2部

作業終了後は、必ずAVS/ExpressPSTを終了（Exit）してください。

3.起動ジョブを終了する

AVS/ExpressPSTの使用を終了したときは、起動ジョブも終了してください。

　$ /opt/itc/avs/pst_script/avs_end.sh

また、qstat コマンドでジョブが終了したことをご確認願います。ジョブが終了するまでは次のジョブが実行できないため、他の利用者に迷惑をかけることとなりますのでご注意ください。

　$ qstat

出力されたメッセージの中に次のエラーが含まれていないかを確認してください。

• Please specify an authentication passphrase for smpd:
  パスフレーズを聞いてくるときは、~/.smpd ファイルがない、パーミッションが600でない、記述に誤りがある、などです。ファイルを作成または修正してください。
• Error, unable to open machine file '~/.pst_machines'
  起動ジョブが投入されていないか、「RUNNING」（実行中）になっていません。ジョブを投入している場合は、「RUNNING」になるまでお待ちください。
• Could not get license from license server
  • Server message - license limit exceeded
    二重起動しようとしているか、プロセスが残ってしまっているものと思われます。
  • Error: could not open license file
    ライセンスの確認に失敗することがあります。しばらくしてから再度実行してみてください。
• MPIDU_Sock_listen(369): unable to bind socket to port
  起動ジョブを一旦終了させ、しばらくしてから再度起動ジョブを投入してください。

エラーが出る場合の対処方法は以下を参考にしてください。

　$ /opt/itc/avs/pst_script/avs_end.sh

で一度ジョブを終了させ、しばらくしてから再びジョブを実行させてみてください。

　$ /opt/itc/avs/pst_script/avs_start.sh

それでもエラーが解消しない場合は、不要なプロセスがログインノードに残っていることがあります。ジョブを停止してから、

　$ ps -ef |grep avs

などで確認し、プロセスが残っている場合は、killコマンドで終了させてください。

　$ kill -9 （プロセスID）

　ここに掲載した手順以外の方法でAVS/ExpressPSTを起動しないでください。正常に動作しないばかりか、他の利用者に迷惑をかけることになりますので、 本手順以外で起動したプロセスを発見した場合は、センターで強制終了する場合がありますのでご了承ください。