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SR16000 FAQ
- システム全般、サービス内容
- 最適化FORTRAN90コンパイラ
- 最適化C/C++ コンパイラ
- IBM製 コンパイラ
- GNU Compiler Collection（GCC）
- JAVA
- ライブラリ
- アプリケーション
- NQS
- 並列処理
- 実行
- その他
システム全般、サービス内容
- SR16000 のサービス終了はいつになりますか。
Gaussian は引き続き他のシステムで利用できますか。 -
サービス終了は 2017年9月29日(金) 9:00 を予定しています。
当センターにおける Gaussian サービスもこれにて終了となります。
他のシステムでのサービス予定もありません。
- SR16000 のハードウェア性能について教えてください。
-
主な諸元は以下の通りです。詳しくは、「SR16000 の紹介」をご覧ください。
・計算 Node 数 56 (32 コア/Node)
・1 Node 当りの理論演算性能 980.48 GFlops
・1 Node 当りの主記憶容量 200 GB
- SR16000 の OS について教えてください。
- SR16000 の OS は、AIX 7.1 です。詳しくは、「SR16000 の紹介」をご覧ください。
- 利用できるソフトウェアは何がありますか。
-
コンパイラ、数値計算ライブラリ等が利用できます。詳しくは、「SR16000 の紹介」をご覧ください。
主なソフトウェア
・日立製作所製コンパイラ
最適化 Fortran90、最適化 C、最適化標準 C++
・IBM 社製コンパイラ
XL C/C++ Enterprise Edition for AIX
・GNU コンパイラ
・一般的非経験分子軌道計算プログラム Gaussian09
・行列計算副プログラムライブラリ MATRIX/MPP
・行列計算副プログラムライブラリ スカイライン法 MATRIX/MPP/SSS
・数値計算副プログラムライブラリ MSL2
- 複数コンパイラが用意されていますが、各コンパイラを使用する際のコマンド名について教えてください。
-
各コンパイラを起動する際に使用するコマンド名は以下の通りです。各コンパイラの詳細については、「SR16000利用の手引き 第6章 コンパイラ」をご覧ください。
コンパイラ名称 コマンド名 マニュアル (man コマンド) 最適化 Fortran90
最適化 C
最適化 C++
XL C
XL C++f90
cc
sCC
xlc
xlC% man f90
% man cc
% man sCC
% man xlc
% man xlC
詳細は日立発行のマニュアルを参照してください。
・SR16000 最適化 FORTRAN90 使用の手引（3000-3-C50）
・SR16000 最適化 C 使用の手引（3000-3-C59）
・SR16000 最適化標準 C++ 使用の手引（3000-3-C60）
- 利用できるディレクトリが複数あるようです。それぞれの特徴等はありますか。
-
利用者が利用できるディレクトリと特徴は以下の通りです。
ファイルシステム 容量制限 保存期間 /home/利用者番号 ホームディレクトリ 500 GB － /short/利用者番号 (※) 短期利用 なし 5 日間 /tmp 一時利用 なし 2 日間 (ログインノード)
ジョブ終了後 (計算ノード)※ 利用者全員でご利用頂くファイルシステムです。ファイルシステムを圧迫する (大量にファイルを作成する、大容量を専有している) 場合には、保存期間前でも削除される場合があります。
- " .... command not found "というメッセージが出て、コマンドを受け付けないのですが。
- コマンドパス等を設定する .cshrc ファイルがあり、このファイルの中の記述がおかしくなってしまうと、正しい設定が行われなくなり、標準的なコマンドも使えなくなってしまうことがあります。ファイルの中の記述を確認してください。
- w や ps ax と入力した時に、自分以外のプロセスが見あたらないのですが。
- 管理者用のコマンドについては、一般利用者は実行できないように設定してあります。また ps, w 等のシステムの状態を表示するコマンドについては、システム管理者以外の一般ユーザーが使った場合、本人に関係する情報のみを表示するように設定してあります。
- ログインノードでログインシェルを変更 (chsh を実行) しましたが、再ログインしたところ、変更されていないログインノードがありました。どの様な原因が考えられるでしょうか。
- SR16000 ではログインノードを 2 台 (yayoi-1.cc.u-tokyo.ac.jp と yayoi-2.cc.u-tokyo.ac.jp の 2 台) 用意しています。ログインシェルの変更は、それぞれのログインノードで変更して頂く必要があります。それぞれのログインノードで変更したにも関わらず変更されていない場合には、お手数ですが、相談受付（
）までメールでご連絡ください。
最適化FORTRAN90コンパイラ
- SR16000 で提供されている日立 FORTRAN コンパイラの規格について教えてください。
-
日立製作所製 最適化 FORTRAN90 コンパイラは、FORTRAN77 規格、Fortran90 規格、Fortran95 規格に準拠した FORTRAN コンパイラです。また、OpenMP2.5 仕様をサポートしています。
言語 規格 最適化 FORTRAN90 FORTRAN77
ISO 1539-1980
JIS X 3001-1982
Fortran90
ISO/IEC 1539:1991
JIS X 3001-1:1994
Fortran95
ISO/IEC 1539:1997
JIS X 3001:1998
OpenMP2.5 仕様をサポート
- Fortran プログラムが "segmentation fault" で終わる。コンパイルオプションによって結果が異なる。
- 配列の宣言範囲を超えて使用している関数・サブルーチンの引数の個数・型が不一致であることが考えられます。プログラムを確認してください。-debug オプションで原因がわかる場合があります。
- "KCHF446R segmentation violation occurred." と出て動きません。どうすればよいですか。
- プログラム中の関数の引数や配列の参照に問題があることが考えられます。コンパイルオプションに「-subchk」、「-debug」などを利用して、プログラムを確認してください。こちらも参考にしてください。
- Fortranプログラムのチューニングをしたいのですが。
- チューニングのヒントのために並列化の報告を出力することができます。次のように -loglist オプションを付けてコンパイルしてください。並列化ログはソースファイル名の拡張子を .log にしたファイルとして生成され、元のソースファイルにコメントを加える形で並列化状況が書き込まれます。
- プログラムの実行が遅いのですが。
-
最適化、要素並列化が効いてないかもしれません。-loglist オプション等を使用してコンパイル診断メッセージを確認してください。 またプログラムによっては、最適化が性能を劣化させる場合もあります。この場合、一部の最適化オプションを抑止してコンパイルしてください。詳細は以下の日立発行のマニュアルの「最適化による副作用」を参照してください。
SR16000 最適化 FORTRAN90 使用の手引（3000-3-C50）
[p11000@yayoi-1 p11000]% mpif90 -Oss -loglist mpi-program.f90
日立製作所製 最適化C/C++ コンパイラ
- SR16000 で提供されている C/C++ コンパイラの規格について教えてください。
-
日立製作所製 最適化 C コンパイラは、C89 規格に準拠した C コンパイラです (C99 規格には準拠しておりません)。また OpenMP2.5 仕様をサポートしています。
日立製作所製 最適化標準 C++ コンパイラは、C++98 規格、ARM (The Annotated C++ Reference Manual) 仕様に準拠しています (C++03 規格には準拠しておりません)。また OpenMP2.5 仕様をサポートしています。
言語 規格 日立製コンパイラ
最適化 CC89
ISO/IEC 9899:1990
JIS X3010:1993
OpenMP2.5 仕様をサポート日立製コンパイラ
最適化標準 C++C++98
ISO/IEC 14882:1998
OpenMP2.5 仕様をサポート
IBM製 コンパイラ
- SR16000 で提供されている IBM 社製 XL C/C++ コンパイラの規格について教えてください。
-
IBM 社製 XL C/C++ は、C++98 規格、C++03 規格に準拠しています。また OpenMP3.0 仕様をサポートしています。
言語 規格 IBM 製コンパイラ
XL C/C++C89
ISO/IEC 9899:1990
C99
ISO/IEC 9899:1998
C++98
IISO/IEC 14882:1998
C++03
ISO/IEC 14882:2003 (E)
OpenMP3.0 仕様をサポート
- IBM製 C/C++コンパイラが利用できると記述されていますが、コマンド名など、コンパイラ利用方法を教えてください。
- 「SR16000利用の手引き 第6章 6.6 IBM製 C/C++コンパイラ」をご覧ください。また、IBM コンパイラのマニュアルも IBM 社の Web ページで参照できますのであわせてご覧ください。
- IBM製 C/C++コンパイラが利用できると記述されていますが、Fortran コンパイラは利用できないのでしょうか。
- SR16000 では、C/C++ コンパイラの提供のみです。IBM 社製 XL Fortran コンパイラ は提供しておりません。
GNU Compiler Collection（GCC）
- GNU Compiler Collection（GCC）を使用したいのですが。
-
SR16000 には、AIX Toolbox から提供されている GNU コンパイラをインストールしています。GCC のコマンド名は以下の通りです。また、バージョンは以下の通りです。
言語 コマンド名 バージョン C
C++
Fortrangcc
g++
g954.6.1
4.6.1
0.92
JAVA
- JAVA を使用したいのですが。
-
以下のディレクトリにインストールしています。
Java 7
・/tools/usr/java7 （32 bit 版）
・/tools/usr/java7_64（64 bit 版）
Java 6
・/usr/java6 （32 bit 版）
・/usr/java6_64（64 bit 版）
ライブラリ
- SR16000 で利用できるライブラリは何がありますか。
-
SR16000 で提供しているライブラリは以下の通りです。詳細は、「SR16000利用の手引き 第8章 数値計算ライブラリ」をご覧ください。
日立製作所製数値計算ライブラリ MATRIX/MPP、MATRIX/MPP/SSS、MSL2 IBM 社製ライブラリ ESSL、Parallel ESSL その他ライブラリ BLAS、LAPACK、ScaLAPACK、Parallel NetCDF、FFTW、SuperLU、SuperLU_DIST、STL(Standard Template Library)、Boost C++
- SR16000 で利用できるライブラリのバージョンについて教えてください。
-
SR16000 で利用できるライブラリのバージョンは以下の通りです。
ライブラリ名 バージョン MATRIX/MPP
MATRIX/MPP/SSS
MSL2
ESSL
Parallel ESSL
BLAS
LAPACK
ScaLAPACK03-00
02-00
02-00
5.1
4.1
2007年3月版
3.3.1
1.8.0
- SR16000 で利用できるライブラリのリンク方法を教えてください。
-
SR16000 で利用できるライブラリのリンク方法は以下の通りです。詳細及び注意事項などについては、「SR16000利用の手引き 第8章 数値計算ライブラリ」をご覧ください。
-Lライブラリ検索パス (日立・IBM 社製ライブラリの場合は省略)
-lライブラリ名
ライブラリ名 リンク方法 MATRIX/MPP 要素並列版 -lmatmpp スカラー版 -lmatmpp_sc MATRIX/MPP/SSS 要素並列版 -lmatmpps スカラー版 -lmatmpps_sc MSL2 要素並列版 -lMSL2P スカラー版 -lMSL ESSL 要素並列版 -lesslsmp または -lesslsmp6464 スカラー版 -lessl または -lessl6464 Parallel ESSL 要素並列版 -lpesslsmp スカラー版 -lpessl BLAS 要素並列版 -L/usr/local/lib -lbas スカラー版 -L/usr/local/lib -lblas_sc LAPACK 要素並列版 -L/usr/local/lib -llapack -lblas スカラー版 -L/usr/local/lib -llapack_sc -lblas_sc ScaLAPACK -L/usr/local/lib -lscalapack NetCDF -I/usr/local/include -L/usr/local/lib -lpnetcdf FFTW MPI 版 -I/usr/local/include -L/usr/local/lib -lfftw3_mpi 要素並列版 -I/usr/local/include -L/usr/local/lib -lfftw3 スカラー版 -I/usr/local/include -L/usr/local/lib -lfftw3_sc SuperLU 要素並列版 -I/usr/local/include -L/usr/local/lib -lsuperlu スカラー版 -I/usr/local/include -L/usr/local/lib -lsuperlu_sc SuperLU_DIST MPI 版 -I/usr/local/include -L/usr/local/lib -lsuperludist
- MATRIX/MPP を使用したプログラムがコンパイルできません。
-
以下の点にご注意ください。
コンパイラ
日立コンパイラ（最適化 FORTRAN / 最適化 C / 最適化標準 C++）をご利用ください。
コンパイルオプションの位置
ld: 1012 error : Undefind symbol: .HDFT2M
-lmatmpp は以下のようにオプションの一番最後に指定してください。
[p11000@yayoi-1 p11000]% f90 -parallel program.f -lmatmpp
要素並列オブジェクトの作成
ld: 1012 error : Undefind symbol: _h_comp_link_var
ld: 1012 error : Undefind symbol: _h_total_ip_num
以下のように -parallel を指定してください。（要素並列オブジェクトのリンク）
[p11000@yayoi-1 p11000]% f90 -parallel program.f -lmatmpp
スカラー版を利用する場合は以下のように指定をしてください。
[p11000@yayoi-1 p11000]% f90 program.f -lmatmpp_sc
- MSL2 を使うにはどうしたらよいですか。
-
日立提供のライブラリとして、MSL2 及び MATRIX が、マニュアルに記述された標準的な形態で登録してありますので、マニュアルの記述どおりに利用することができます。日立コンパイラ（最適化 FORTRAN / 最適化 C / 最適化標準 C++）をご利用ください。なお、センター提供の数値計算ライブラリの検索パスは標準で設定されていますので、-L オプションは省略できます。
[p11000@yayoi-1 p11000]% f90 ... -lMSL2 ...
詳細は「SR16000利用の手引き 第8章 数値計算ライブラリ」をご覧ください。
- FX10 スーパーコンピュータシステムで使用していた富士通社製ライブラリ (SSL II、C-SSL II、SSL II/MPI) は利用できますか。
- 利用できません。日立製ライブラリをご使用ください。
アプリケーション
- Gaussian のバージョンを教えてください。
- Gaussian09 Revision D.01 です。
- Gaussian を利用しています。何か注意すべき事柄はありますか。
- 「SR16000 利用の手引き 付録 A Gaussian09 の使い方」を参考にしてください。
- 個別に購入したソフトウェアを使用することはできますか。
- 利用者ディレクトリにインストールして使用する場合には、ライセンス等をご確認の上、ご使用頂いても問題ありません。ただし、本センターでは、インストールの代行やサポートは行えませんので利用者の皆様にてご対応をお願い致します。
- Gaussian の実行方法について教えてください。
-
以下の方法で Gaussian の実行が可能となります。標準では、使用するプロセッサ数は 1 となっていますので、必要に応じてプロセッサ数を変更してください (問題サイズ等により、プロセッサ数を変更することで、実行時間が長くなる場合もあります)。
「SR16000 利用の手引き 付録 A Gaussian09 の使い方」を参考にしてください。#!/bin/csh #@$-q parallel #@$-N 1 source /usr/local/g09/bsd/g09.login g09 `< ./プログラム名 `> 出力ファイル名
- インタラクティブノードで Gaussian を実行したら以下のメッセージが出力されました。
[p11000@yayoi-1 p11000]% g09 ***GAUSSIAN**************************************** Cannot be executed in the single queue. Please execute in the parallel (P001) queue. ***************************************************
- Gaussian はインタラクティブノードでは実行できません。NQS ジョブ実行をお願い致します。
NQS
- ジョブクラスにはどのような種類がありますか。
- パーソナルコースの登録コースにより利用できるジョブクラスが異なります。また、全コース共通でご利用頂けるジョブクラスもあります。詳細は、「ジョブクラス」をご覧ください。
- NQS にジョブを投入したいのですが、投入方法がわかりません。
-
バッチスクリプトを記述して、qsub コマンドでジョブを投入します。詳細は、「SR16000利用の手引き」をご覧ください。
バッチスクリプトの例
[p11000@yayoi-1 p11000]% vi バッチスクリプト
記入例 説明 #!/bin/csh
#@$-q parallel
#@$-N 4
#@$-lT 1:00:00
#@$-lM 170GB
cd ~/work
./program < in.date > out.data
パイプキュー名
Node 数
実行時間制限値
メモリサイズ制限値
cd ディレクトリ
プログラム名 < 入力ファイル > 出力ファイル
[p11000@yayoi-1 p11000]% qsub バッチスクリプト
- バッチスクリプトで指定できるオプションにはどのようなものがありますか。
- Node 数、メモリサイズ、制限時間等が指定できます。詳細は、「SR16000利用の手引き」をご覧ください。
- 投入した NQS ジョブを確認する方法を教えてください。
- qstat コマンドで確認することができます。
[p11000@yayoi-1 p11000]% qstat 2011/10/03 (Mon) 10:54:49: REQUESTS on SR16000 NQS schedule stop time : 2011/10/21 (Fri) 9:00:00 (Remain: 430h 5m 11s) REQUEST NAME OWNER QUEUE PRI NODE E-TIME MEM STATE 185.yayoi job1.sh p11000 P004 63 4 3600s 170GB RUNNING 186.yayoi job2.sh p11000 P004 63 4 3600s 170GB QUEUED※実行中の NQS ジョブは、STATE が RUNNING に、実行待ち状態は QUEUED と表示されます。
- 投入した NQS ジョブを kill するにはどうしたらよいですか。
- qdel コマンドで NQS ジョブを削除します。例えば、リクエスト ID 186.yayoi を削除する場合は次のように指定します。
[p11000@yayoi-1 p11000]% qstat 2011/10/03 (Mon) 10:55:58: REQUESTS on SR16000 NQS schedule stop time : 2011/10/21 (Fri) 9:00:00 (Remain: 430h 4m 2s) REQUEST NAME OWNER QUEUE PRI NODE E-TIME MEM STATE 185.yayoi job1.sh p11000 P004 63 4 3600s 170GB RUNNING 186.yayoi job2.sh p11000 P004 63 4 3600s 170GB QUEUE [p11000@yayoi-1 p11000]% qdel 186 deleting request 186.yayoi.また、リクエスト ID を複数指定することも可能です。
[p11000@yayoi-1 p11000]% qdel 185 186
- メモリをどれだけ使えますか。
-
全てのジョブクラスとも、最大 170GB です。NQS ジョブでは、#@$-lM 値 MB または GB で指定します (通常、指定する必要はありません。最大値が仮定されます)。
バッチスクリプト内での指定例
#@$-lM 8GB
- NQS ジョブが実行されません。
-
投入されたジョブのうち、システム停止予定時刻 (計画停止時刻) までに終了しないジョブについては実行しないよう設定しています。停止時刻直前まで実行するためには、実行時間制限値 (#@$-lT) で NQS ジョブの終了が計画停止時刻を超えないよう指定してください。計画停止時刻と残り時間は qstat コマンドで確認することができます
[p11000@yayoi-1 p11000]% qstat 2011/10/03 (Mon) 11:05:20: BATCH QUEUES on SR16000 cluster NQS schedule stop time : 2011/10/21 (Fri) 9:00:00 (Remain: 429h 54m 40s) QUEUE NAME STATUS TOTAL RUNNING RUNLIMIT QUEUED HELD OTHER※ NQS ジョブの実行が終了する日付、時刻（残り時間）が表示されています。月末処理などのシステム停止前には、残り時間等をご確認ください。
- 複数の NQS ジョブを実行することはできますか。
-
ジョブの同時実行数の制限があります。
同一キューでの NQS ジョブの同時実行数は 1 です。
他のキューを含めた NQS ジョブの同時実行数は 2 です。
- NQS ジョブが長時間待たないと実行されません。
- 本センターでは利用者の皆様に公平な計算機資源の提供を行うため、ジョブスケジューリングシステム（「フェアシェアスケジューリングシステム」）を導入しています。 本システムでは、4 月から現在までに実行済みの NQS ジョブにて使用した CPU の使用量と投入したジョブに設定した実行予定時間より算出される CPU の予定使用量から各ジョブの実行優先度を決定しています。 そのため、既に CPU 時間を大量に使用していた場合、他の NQS ジョブの方が優先順位が高くなっている場合があり、実行まで長時間待つ場合があります。 詳細は、「SR16000利用の手引き 7.5 ジョブスケジューリングのルール」を参照してください。
- NQS ジョブの実行順位が知りたいのですが。
-
qstat コマンドの "PRI" 値で確認することができます。優先順位 (PRI 値) の最大は 63 で、0 まで各 NQS ジョブに順位付けを行い、順位の高い NQS ジョブから順に実行されます。そのため、自分の NQS ジョブの PRI 値を確認することで、実行順位を調べることができます。詳細は、「SR16000利用の手引き 7.5 ジョブスケジューリングのルール」を参照してください。
例 ）下記の例の場合、99999.yayoi の PRI 値は 62 なので、2 番目となります。[p11000@yayoi-1 p11000]% qstat 2011/10/03 (Mon) 10:54:49: REQUESTS on SR16000 NQS schedule stop time : 2011/10/21 (Fri) 9:00:00 (Remain: 430h 5m 11s) REQUEST NAME OWNER QUEUE PRI NODE E-TIME MEM STATE 99998.yayoi job1.sh p11000 P008 62 8 3600s 170GB QUEUED 99999.yayoi job2.sh p11000 P008 61 8 3600s 170GB QUEUED
- ジョブが途中で終了してしまう。配列を大きくしたら動かなくなった。
- NQSジョブ の各キューに応じて、E-TIME、メモリなどのリソースを制限していますので、その制限を超えるジョブは流せません。各キューにおける制限値は、「ジョブクラス」をご覧ください。
- NQS ジョブを投入したところ、以下のようなメッセージが返ってきて、ジョブが投入できません。
No suitable queue found.
reason: …… - 制限時間、メモリ容量等の指定がキューの制限値を超えていると思われます。この場合、上記メッセージを出力し、NQS ジョブは投入されません。ジョブクラス毎の制限値を超えないよう指定してください。
- NQSの開始・終了メールが異なるログインノードに届きます。
-
NQSの開始・終了メールは qsub したログインノードに届きます。異なるログインノードから qsub したときも、ひとつのログインノードのみに集約するには、
1. NQS の -mu オプションで指定する。
2. ~/.forward に記述する。
のどちらかの方法で対処してください。
並列処理
- 要素並列化機能とは何ですか。
-
要素並列化機能とは 1 Node 内（32 プロセッサ，SMT機能により 64 プロセッサ）の複数プロセッサを並列に利用してプログラムを実行させる機能です。日立製作所のコンパイラでは SECTION 型要素並列化と呼ばれる並列化手法が提供されています。
旧システムの HA8000 など、本センターの他のマシンでこの SECTION 型要素並列化を使用して並列化したプログラムをお持ちの方は SR16000 でも引き続き使用できます。
ですが、新しく作成するプログラムに関しては特殊な事情がない限り、なるべく汎用的な方法での並列化をお勧めします。
詳細は日立発行のマニュアルを参照してください。
・SR16000 最適化 FORTRAN90 使用の手引（3000-3-C51-20）
・SR16000 最適化 C 使用の手引（3000-3-C59）
・SR16000 最適化標準 C++ 使用の手引（3000-3-C60）
- MPI は使えますか。使い方を教えてください。
- 並列プログラミングのための MPI は、メーカーから提供されており、利用可能です。詳細は、「SR16000利用の手引き」を参照してください。特に、コンパイル・リンク時に必要な指定が省略できるように、mpif90, mpicc, mpiCC, の各コマンドが用意されていますので、こちらをご利用ください。
- MPI プログラムをコンパイルする際のコマンド名について教えてください。
-
各コンパイラを起動する際に使用するコマンド名は以下の通りです。各コンパイラの詳細については、「SR16000利用の手引き 第6章 コンパイラ」をご覧ください。
コンパイラ名称 コマンド名 最適化 Fortran90
最適化 C
最適化 C++
XL C
XL C++mpif90
mpicc
mpicxx
mpixlc
mpixlC
- OpenMP は使えますか。使い方を教えてください。
-
コンパイル時に以下の通り指定することで OpenMP プログラムをコンパイルすることができます。各コンパイラの詳細については、「SR16000利用の手引き 第6章 コンパイラ」をご覧ください。
コンパイラ名称 コマンド名 最適化 Fortran90
最適化 C
最適化 C++
XL C
XL C++f90 -parallel -omp プログラム
cc -parallel -omp プログラム
sCC -parallel -omp プログラム
xlc -qsmp=omp プログラム
xlC -qsmp=omp プログラム
- MPI 並列化したプログラムですが、ノード内を OpenMP で並列化していますが利用可能でしょうか。また、コンパイル方法について教えてください。
-
利用することは可能です。各コンパイラの詳細については、「SR16000利用の手引き 第6章 コンパイラ」をご覧ください。
コンパイラ名称 コマンド名 最適化 Fortran90
最適化 C
最適化 C++
XL C
XL C++mpif90 -parallel -omp プログラム
mpicc -parallel -omp プログラム
mpicxx -parallel -omp プログラム
mpixlc -qsmp=omp プログラム
mpixlC -qsmp=omp プログラム
- prun は利用できますか。または、簡単に並列実行できる方法を教えてください。
-
SR16000 では、prun (パラメタ並列実行) コマンドはサポートされておりません。また、今後のサポート予定もありません。
並列実行については、どの様なジョブ実行 (並列実行) を希望されているかにより、実行方法等が異なります。
例えば、1 ノード内で利用できる各コアでシングルタスクで実行したい場合には、以下の様な指定をバッチスクリプト内で行うことで並列実行を行うことが可能です (SR16000 の物理コア数である、32 個並行して実行したい場合は、./a.out 行を 32 個記述します)。
[p11000@yayoi-1 p11000]% vi test.sh
記入例 説明 #@$-q parallel
#@$-N 1
cd ~/tests
./a.out オプション1 > 出力ファイル.1 &
./a.out オプション2 > 出力ファイル.2 &
./a.out オプション3 > 出力ファイル.3 &
：
：
./a.out オプションn > 出力ファイル.n &
wait
パイプキュー名
Node 数 1 ノードを指定
プログラムがあるディレクトリに移動
プログラム名 < 入力 > 出力
・オプションn は a.out の引数を示す
・並列実行したい分だけ記述
[p11000@yayoi-1 p11000]% qsub test.sh
実行
- [p11000@yayoi-1 p11000]% a.out と入力したが、実行できません。
-
a.out の前に ./ （ピリオド、スラッシュ）を入れてください。以下の例を参考にしてください。
[p11000@yayoi-1 p11000]% ./a.out
その他
- 他サイトでコンパイルしたプログラムがエラーで終了します
- 本センター以外のマシンでコンパイルしたプログラムの実行については、ソフトウェアのバージョンや環境等の違いにより正常に動作しない可能性があります。本センターにてコンパイルを行い、実行するようにしてください。
- SR11000 で使用していたプログラムは動作しますか。
- 基本的に、SR16000 でも動作します。ただし再コンパイルが必要です。
- SR16000 のエンディアンは何ですか。
- ビッグエンディアンです (FX10スーパーコンピュータシステムはこちら)。
- SR16000の愛称 (yayoi) の意味は ?
- SR16000システム（SMP）及びFX10スーパーコンピューターシステムの愛称は設置場所に因んでおり、SR16000システム（SMP） "Yayoi" は、弥生地区に設置されたスーパーコンピューターシステムです。また、FX10スーパーコンピューターシステムは、2011 年 5 月に柏キャンパスに完成した第 2 総合研究棟に導入された最初のシステムで、愛称は "Oakleaf-FX" となります。