Oakforest-PACSスーパーコンピュータシステムの紹介
システムの特徴
Oakforest-PACSシステムは、東京大学情報基盤センターと筑波大学計算科学研究センターが共同運営する、最先端共同HPC基盤施設(JCAHPC:Joint Center for Advanced High Performance Computing) の共同利用スーパーコンピュータシステムです。米国Intel Corporationによる超高性能メニーコア型プロセッサである次世代インテル Xeon Phi プロセッサと、 インテル Omni-Path アーキテクチャを搭載した計算ノードを、8,208台搭載した国内最大規模の超並列クラスタ型スーパーコンピュータです。
ハードウェア構成
全体構成
項目 | 仕様 | ||
---|---|---|---|
総理論演算性能 | 25.004 PFLOPS | ||
総ノード数 | 8208 | ||
総主記憶容量 | 897 TByte | ||
インターコネクト | Intel® Omni-Path ネットワーク (100 Gbps) | ||
ネットワークトポロジー | Full-bisection Fat Tree | ||
並列ファイルシステム | システム名 | Lustreファイルシステム | |
サーバ(OSS) | DDN SFA14KE | ||
サーバ(OSS)数 | 10 | ||
ストレージ容量 | 26 PB | ||
ストレージデータ転送速度 | 500 GB/sec | ||
高速ファイルキャッシュシステム | サーバ | DDN IME14K | |
サーバ数 | 25 | ||
容量 | 940 TB | ||
ストレージデータ転送速度 | 1,560 GB/sec |
ノードの構成
項目 | 仕様 | |
---|---|---|
マシン名 | Fujitsu PRIMERGY CX1640 M1 | |
CPU | プロセッサ名 | Intel® Xeon Phi ™ 7250 (開発コード名:Knights Landing) |
プロセッサ数(コア数) | 1 (68) | |
周波数 | 1.4 GHz | |
理論演算性能 | 3.0464 TFLOPS | |
Memory | 96 GB(DDR4)+ 16 GB(MCDRAM) |
ソフトウェア構成
項目 | 構成 |
---|---|
OS | Red Hat Enterprise Linux 7、CentOS 7 |
コンパイラ | GNU コンパイラ Intel コンパイラ(Fortran、C、C++) |
メッセージ通信ライブラリ | Intel MPI、Intel Omni-Path Fabric Software |
ライブラリ | Intel 社製ライブラリ(MKL)、BLAS、LAPACK、ScaLAPACK、FFTW、GNU Scientific Library、NetCDF、Parallel netCDF、Xabclib、ppOpen-HPC、ppOpen-AT、MassiveThreads、SuperLU、SuperLU MT、SuperLU DIST、METIS、MT-METIS、ParMETIS、Scotch、PT-Scotch、PETSc、Boost |
アプリケーション | mpijava、omnicompiler、OpenFOAM、ABINIT-MP、PHASE、FrontFlow/blue、FrontISTR、REVOCAP、OpenMX、xTAPP、AkaiKKR、MODYLAS、ALPS、feram、GROMACS、BLAST、R、bioconductor、BioPerl、BioRuby、Quantum ESPRESSO |
フリーソフトウェア | autoconf、automake、bash、bzip2、cvs、emacs、findutils、gawk、gdb、make、grep、gnuplot、gzip、less、m4、python、perl、ruby、screen、sed、subversion、tar、tcsh、tcl、vim、zsh、cmake、HDF5、git など |
コンテナ仮想化 | singularity (dockerイメージ利用可) |