東京大学情報基盤センター スーパーコンピューティング部門

Oakbridge-CXスーパーコンピュータシステムの紹介

システムの特徴

Oakbridge-CXシステムは、東京大学情報基盤センターが運営するスーパーコンピュータシステムです。米国Intel Corporationによるインテル最新Xeonプロセッサ(開発コード名:CascadeLake)と、 インテル Omni-Path アーキテクチャを搭載した計算ノード1,368台により構成される大規模超並列クラスタ型スーパーコンピュータです。また、全1,368ノードの内128ノードにはSSDを搭載し、特に高いファイル入出力性能を求められる処理にも対応します。

システム概念図

ハードウェア構成

全体構成

項目 仕様
総理論演算性能 6.61 PFLOPS
総ノード数 1,368(1,240+128)
総主記憶容量 256.5 TiB
ネットワークトポロジー Full-bisection Fat Tree
並列ファイルシステム システム名 Lustreファイルシステム
サーバ(OSS) DDN ES18K
サーバ(OSS)数 2
ストレージ容量 12.4 PB
ストレージデータ転送速度 193.9 GB/s

ノードの構成

項目 仕様
マシン名 Fujitsu PRIMERGY CX2550 M5 Fujitsu PRIMERGY CX2560 M5
ノード数 1240 128
CPU プロセッサ名 Intel® Xeon® Platinum 8280
(開発コード名:CascadeLake)
プロセッサ数(コア数) 2(28+28)
周波数 2.7 GHz
理論演算性能 4.8384 TFLOPS
Memory 192 GiB(DDR4)
インターコネクト Intel ® Omni-Path ネットワーク
(100 Gbps)
SSD 容量 - 1.6 TB(NVMe)
読み出し性能 3.20 GB/s
書き込み性能 1.32 GB/s

ソフトウェア構成

項目 構成
OS Red Hat Enterprise Linux 7、CentOS 7
コンパイラ GNU コンパイラ
Intel コンパイラ(Fortran77/90/95/2003/2008、C、C++)
メッセージ通信ライブラリ Intel MPI、Open MPI、Intel Omni-Path Fabric Software
ライブラリ Intel社製ライブラリ(MKL)(BLAS、CBLAS)、その他(LAPACK、ScaLAPACK、SuperLU、 SuperLU MT、 SuperLU DIST、METIS、MT-METIS、ParMETIS、Scotch、PT-Scotch、PETSc、Trillinos、FFTW、GNU Scientific Library、NetCDF、Parallel netCDF、HDF5、CMake、Anaconda、 Xabclib、ppOpen-HPC、ppOpen-AT、MassiveThreads)
アプリケーション mpijava、OpenFOAM、ABINIT-MP、PHASE、FrontFlow/blue、FrontISTR、REVOCAP-Coupler、REVOCAP-Refiner、OpenMX、xTAPP、AkaiKKR、MODYLAS、ALPS、feram、GROMACS、BLAST、R packages、bioconductor、BioPerl、BioRuby、BWA、GATK、SAMtools、Quantum ESPRESSO、Xcrypt、Paraview、Vislt、POV-Ray
フリーソフトウェア autoconf、automake、bash、bzip2、cvs、emacs、findutils、gawk、gdb、make、grep、gnuplot、gzip、less、m4、perl、ruby、sed、subversion、tar、tcsh、tcl、zsh、FUSE、git など
コンテナ仮想化 singularity (dockerイメージ利用可)