Oakbridge-CXスーパーコンピュータシステムの紹介
システムの特徴
Oakbridge-CXシステムは、東京大学情報基盤センターが運用するスーパーコンピュータシステムです。米国Intel Corporationによるインテル最新Xeonプロセッサ(開発コード名:Cascade Lake)と、 インテル Omni-Path アーキテクチャを搭載した計算ノード1,368台により構成される大規模超並列クラスタ型スーパーコンピュータです。また、全1,368ノードの内128ノードにはSSDを搭載し、特に高いファイル入出力性能を求められる処理にも対応します。
ハードウェア構成
全体構成
項目 | 仕様 | ||
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総理論演算性能 | 6.61 PFLOPS | ||
総ノード数 | 1,368(1,240+128) | ||
総主記憶容量 | 256.5 TiB | ||
インターコネクト | Intel® Omni-Path ネットワーク (100 Gbps) | ||
ネットワークトポロジー | Full-bisection Fat Tree | ||
並列ファイルシステム | システム名 | Lustreファイルシステム | |
サーバ(OSS) | DDN ES18K | ||
サーバ(OSS)数 | 2 | ||
ストレージ容量 | 12.4 PB | ||
ストレージデータ転送速度 | 193.9 GB/s |
ノードの構成
項目 | 仕様 | ||
---|---|---|---|
マシン名 | Fujitsu PRIMERGY CX2550 M5 | Fujitsu PRIMERGY CX2560 M5 | |
ノード数 | 1240 | 128 | |
CPU | プロセッサ名 | Intel® Xeon® Platinum 8280 (開発コード名:CascadeLake) |
|
プロセッサ数(コア数) | 2(28+28) | ||
周波数 | 2.7 GHz | ||
理論演算性能 | 4.8384 TFLOPS | ||
Memory | 192 GiB(DDR4) | ||
SSD | 容量 | - | 1.6 TB(NVMe) |
読み出し性能 | 3.20 GB/s | ||
書き込み性能 | 1.32 GB/s |
ソフトウェア構成
項目 | 構成 |
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OS | Red Hat Enterprise Linux 7、CentOS 7 |
コンパイラ | GNU コンパイラ Intel コンパイラ(Fortran、C、C++) |
メッセージ通信ライブラリ | Intel MPI、Open MPI、Intel Omni-Path Fabric Software |
ライブラリ | Intel社製ライブラリ(MKL)(BLAS、CBLAS)、その他(LAPACK、ScaLAPACK、SuperLU、 SuperLU MT、 SuperLU DIST、METIS、MT-METIS、ParMETIS、Scotch、PT-Scotch、PETSc、Trillinos、FFTW、GNU Scientific Library、NetCDF、Parallel netCDF、HDF5、CMake、Miniconda、 Xabclib、ppOpen-HPC、ppOpen-AT、MassiveThreads) |
アプリケーション | mpijava、OpenFOAM、ABINIT-MP、PHASE、FrontFlow/blue、FrontISTR、REVOCAP-Coupler、REVOCAP-Refiner、OpenMX、xTAPP、AkaiKKR、MODYLAS、ALPS、feram、GROMACS、BLAST、R packages、bioconductor、BioPerl、BioRuby、BWA、GATK、SAMtools、Quantum ESPRESSO、Xcrypt、LAMMPS、ParaView、Vislt、POV-Ray、HyperWorks、MATLAB |
フリーソフトウェア | python、emacs、vim、gawk、git、gnuplot、make、screen、sed、tar、Globus Toolkit、Gfarm、FUSE など |
コンテナ仮想化 | singularity (dockerイメージ利用可) |